К XVI веку город уже присоединился к Московскому княжеству и был богатым центром торговли с западными странами. В 1575 году Иван Грозный делит страну на Земщину и Опричнину. Он переселяется в Александровскую слободу, а Вологду готовит к роли столицы Опричнины и своей личной резиденции.
К сожалению Кремль, построенный по его приказу, до наших дней не дожил. О его размерах можно судить по остаткам рвов и бульварам на месте разобранных стен.